就算是降低了标准，申时行也没有能达到目的。有一些自命为体现正气的年少新进，坚持“四书”中所教导的伦理观念，对1587年京察的做法表示了极大的不满。其中有一个顾宪成，所提出的抨击尤为尖锐。他和他的志同道合者决心要检举缺乏能力和操守的官员，而不惜重新撕破申时行所苦心缝补的破绽。申时行的对付办法就是把他调往外省。
所以，在立储问题还没有对京官形成普遍压力的时候，他们的内部关系已经十分紧张了。张居正的强迫命令固然失败，申时行的调和折衷也同样没有成功。在北京的两千多名文官中间，存在着对伦理道德和对现实生活的不同态度，互相顾忌而又互相蔑视。有的人出身寒微，把做官看作发财致富的机会；有的人家境丰饶，用不着靠做官的收入维持生活，自然就不会同意和允许其他人这样做。“四书”中的原则，有的人仅仅视为具文，拿来做职业上的口头禅，有些人却一丝不苟，身体力行。另外有一些人彷徨于上述两者之间；也有一些人由于人事的牵涉参与了对立的阵营。
文官之间的冲突，即使起因于抽象的原则，也并不能减轻情绪的激动。一个人可以把他旁边的另一个人看成毫无人格，他的对方也同样会认为他是在装腔作势地用圣贤之道掩饰他的无能。而眼前更为重要的是，立储一事绝不是抽象的原则，而是关系到文官们荣辱生死的现实问题。因为，凡是皇帝的继承权发生争执并通过一场残酷的冲突以后，胜利者登上皇帝的宝座，接着而来的就是指斥对方伪造先帝的旨意或是暴戾无道；因为九五之尊必有天命和道德做背景。如果不经过这一番左右舆论的工作，自己的胜利就不能名正言顺。而他手下的拥戴者，也总是要请求新皇帝以各种凶狠的手段加之于他们的对方，才能顺逆分明；自己流芳百世，政敌则遗臭万年，各有分晓。这种情形，在本朝的历史上至少已经发生过两次。
第三个登上皇位的永乐皇帝，如所周知，是用武力夺取了侄子建文皇帝的江山。在起兵的时候，他就大肆制造了洪武皇帝本来要传位于他、建文皇帝只是矫诏嗣位的说法。功成之后，他又大批杀戮了拒绝拥戴他的廷臣和他们的家属。第六代正统皇帝，在和蒙古瓦刺部落作战的时候被对方俘虏。廷臣和皇太后商量之后，拥立他的异母荣登极，是为景泰皇帝，俾使瓦刺不能以当今天子被其拘禁而作为谈判的要挟。最后瓦刺由于无利可图，只好把正统皇帝送回北京。一个国家不能同时存在两个皇帝，于是正统被称为太上皇，表面上在南宫优游岁月，实则乃系软禁。7年之后，拥戴太上皇的夺门复辟成功，改称天顺。功成之后，拥立景泰的臣僚受到了残酷的对待。被戮于西市的，就有功劳卓著的兵部尚书于谦。
1587年表面上平静无事，可是很多文官已经预感到如果皇储问题得不到合理解决，历史的惨痛教训必然会在他们身上重演。今天无意中的一言一语，一举一动，将来都可以拿来当作犯罪的证据。就算他们谨慎小心，缄口不言，也可能日后被视为附逆，未必一定能明哲保身。然而并不是所有的人都害怕这样的危险，有的人却正好把这危险看成表现自己刚毅正直的大好机会。即使因此而牺牲，也可以博得舍生取义的美名而流芳百世。因此，除了接二连三地递上奏章以外，他们还刻印了富有煽动性的小册子和传单，闹得北京城沸沸扬扬。
万历在他御宇的后期，已经清楚地看到自己不能避免历史的指责。他与臣僚不和，同时又是一个不负责任的君主，这已成为定案。既然无意于做积极有为的君主，现实又无可逃遁，他只能消极无为。然而由于他的聪明敏感，他又不能甘心充当臣僚的工具，所以即使消极，他仍然顽强地保持着自己的性格。
身为天子的万历，在另一种意义上讲，他不过是紫禁城中的一名囚徒。他的权力大多带有被动性。他可以把他不喜欢的官员革职查办，但是很难升迁拔擢他所喜欢的官员，以致没有一个人足以成为他的心腹。他对大臣们的奏折作出决断，可以超出法律的规定，但是他没有制订法律的力量，官僚之间发生冲突，理所当然地由他加以裁夺，但是他不能改造制度以避免冲突的发生，而且他裁夺的权威性正在日益微弱，因为他被臣下视为燕安怠惰。各边区的军事问题必须奏报皇帝，但是皇帝自己不能统率兵将，在平日也没有整顿军备的可能。他很难跨出宫门一步，自然更谈不上离开京城巡视各省。连这一点选择的自由都没有，居于九五之尊还有什么趣味？
大小臣僚期望他以自己的德行而不是权力对国家作出贡献。但是德行意味着什么呢？张居正在世之日，皇帝在首辅及老师的控制下作为抽象的道德和智慧的代表，所谓德行大部分体现于各种礼仪之中。他要忍受各种礼仪的苦闷与单调，这也许是人们所能够理解的。但几乎很少有人理解的乃是他最深沉的苦闷尚在无情的礼仪之外。皇位是一种社会制度，他朱翊钧却是一个有血有肉的个人。一登皇位，他的全部言行都要符合道德的规范，但是道德规范的解释却分属于文官。他不被允许能和他的臣僚一样，在阳之外另外存在着阴。他之被拘束是无限的，任何个性的表露都有可能被指责为逾越道德规范。
在他的母亲慈圣皇太后去世以后，礼部立即郑重制定了丧仪，宣布全国居丧27日，臣民全部服丧，帽子上缠以白布。全部京官一律被麻带孝，不许穿着朝靴而代之以草鞋，摘去纱帽的两翅而代之以两条下垂至肩的白布。大小寺院鸣钟3万响，昼夜不息。三日之内，四品以上的官员及其夫人分批整队前去慈宁宫举行礼仪上的号哭，号哭15次，全部人员的动作协调，一哭皆哭，一止皆止，有如交响曲。
人们看得很清楚，慈圣太后之被隆重追悼，并不是因为她个人引起了如此广泛而深沉的哀思。她不过是一个形式上的代表，她的丧仪象征了全国臣民怀念慈母的养育之恩，也表现了他们对皇室的忠悃。不难想象，这些官员和夫人在号哭完毕以后回到家里，由于为这隆重的丧仪所感染，势必要对长者更为孝敬，而全国的风俗乃能更为淳厚。然而万历皇帝却早已丧失了这样的信心。他已经把一切看透，仪式典礼只会产生更多的仪式典礼，作为全国的表率，他又必须在每一种仪式中使用全部精力去表现他的诚意。他在过去的生活里付出的精力已经太多了，他已经不再有周旋应付的兴趣，所以他以近日偶患湿毒，敷药未愈，行走不便作为理由，免除了自己应该在众目睽睽之下参加的繁文缛节。但这并不等于说皇帝有亏孝道，根据当日居留在北京的外国教士记载，皇太后入殓时的一切细节，都出于万历的亲手安排。
把传统上规定的天子职责置之不顾，时日一久，万历懒惰之名大著。有的历史学家认为他的惰性来自先天，也有历史学家则怀疑他已经染上了抽鸦片的嗜好。这些历史学家所忽略的是下面这样的琐事：万历既已免去了自己参加典礼的麻烦，却在用一些更为无聊的方法在消磨时光。每当天气晴和，他一高兴，就和宦官们掷银为戏。他自己做庄家，宦官把银叶投向地上画出的方形或圆形之中，得中者取得加倍或三倍的偿还，不中者即被没收。这种细碎的事情表现了一个喜欢活动的人物具备着充沛的精力，但又无法用之于作出积极的创造。皇帝的这种苦闷乃是历史的悲剧。