对于张居正及其遗属的处理，在1583年夏季以前，万历已经褫夺了张居正三个儿子的官职，撤销了张居正本人生前所得到的太师头衔。尽管情况仍在进展，但是他仍想适可而止，以全始终。又过了一年，即1584年阳历5月，辽王的王妃控诉张居正生前出于个人恩怨，又为了攘夺府邸而蒙蔽圣聪，废黜辽王，理应籍没。这时万历觉得张居正竟敢侵犯皇室以自肥，实属罪无可逭，因此下决心同意了这一请求。
张居正死后两年再被抄没家财，在技术上还造成了一些更加复杂的情况。按本朝的习惯，所抄没的家财，应该是张居正死后的全部家财，这两年之内被家属花费、转移的物资钱财必须全部追补，即所谓“追赃”。而应该追补的数字又无法有确切的根据，所以只能根据“情理”的估计。张居正生前毫无俭约的名声，负责“追赃”的官员即使意存袒护，也决不敢把这个数字估计过低。张居正的弟弟和儿子在原籍江陵被拘留，凑缴的各种财物约值白银10万两以上。这个数字远不能符合估计，于是执行“追赃”的官员对张居正的长子张敬修严刑拷打。张敬修供称，确实还有白银30万两寄存在各处，但招供的当晚他即自缢身死，几天之后，张家的一个仆人也继而自杀。
抄没后的财物110台被抬进宫门，其中包括御笔四纸，也就是当年皇帝赏赐的、称颂张先生为忠臣的大字。财物中并役有值得注意的珍品。万历皇帝是否亲自看过这些东西或者他看过以后有无反应，全都不见于史书的记载。当日唯一可能阻止这一抄家措施的人是慈圣太后，但是她并没有这样做，也许她正在为她父亲武清侯李伟的去世伤悼不已而无心置问。李伟死后被封为国公，并允许长子袭爵。要是张居正还在，这种本朝未所有的殊荣旷典是决不可能被授予的，他一定会用爱惜朝廷名器这一大题目出而作梗。仅凭这一点，慈圣太后也不可能再对张居正有任何好感。
在抄家之后，有两个人呈请皇帝对张居正的老母额外加恩。万历一面批准以空宅一所和田地1000亩作为赡养，一面又指责了这两个呈请者。大学士申时行遭到了温和的申诫，刑部尚书潘季驯则由于夸大张氏家人的惨状而被革职为民。
事态既然发展到这一地步，万历已经无法后退。对这两年的一切措施，也有必要向天下臣民作出交代。要说张居正谋逆篡位，一则缺乏证据，二则对皇室也并无裨益，所以，在抄家4个月之后，即1584年阳历9月，才正式宣布了总结性的罪状：“诬蔑亲藩，侵夺王坟府第，籍制言官，蔽塞朕聪，专权乱政”，本当剖棺戮尸，仅仅因为他多年效劳，姑且加恩宽免。他的弟弟和两个儿子被送到烟瘴地面充军。
元辅张居正死后被清算，大伴冯保被驱逐出京，皇帝至此已经实际掌握了政府的大权。但是不久以后，他就会发觉他摆脱了张、冯之后所得到的自主之权仍然受到种种约束，即使贵为天子，也不过是一种制度所需要产物。他逐渐明白，倒掉张居正，真正的受益者并不是他自己。在倒张的人物中可以分为两类。一类人物强硬而坚决，同时又顽固而拘泥。张居正的案件一经结束，他们立即把攻击的目标转向皇帝。在劝谏的名义下，他们批评皇帝奢侈懒惰，个人享乐至上，宠爱德妃郑氏而冷落恭妃王氏，如此等等。总而言之，他们要把他强迫纳入他们所设置的规范，而不让他的个性自由发展。另一类人物则干脆是为了争权夺利。他们利用道德上的辞藻作为装饰，声称只有他们才能具有如此的眼光及力量来暴露张冯集团的本质。而张冯被劾之后在朝廷上空出来的大批职务，他们就当仁不让，安排亲友。
现在到了1587年，万历皇帝还只有24岁，但登上天子的宝座却已经15年了。对他来说，这15年似乎显得特别漫长，因为有许多重复的事件和不变的礼仪要他去应付，即使是一年以前，他的爱妃郑氏生下皇子常洵，也并不能给他多少安慰。接近他的人可以看出，皇帝陛下正在越来越感到生活的单调和疲劳。上一年，他主持殿试，试题的内容是“无为而治”，他对生活的厌倦已经越出了内心世界而要开始见诸行动了。
然而万历陛下的一朝，是本朝历时最长的一朝。此后还有很多的事情要在他当政的年代里发生，1587年不过刚刚是一个契机。这一年阳历7月，正当元辅张居正先生去世5周年，皇帝端坐深宫，往事又重新在心头涌现。他降谕工部，要工部如实查报，张居正在京内的住宅没收归官以后作何区处：是卖掉了，还是租给别人了？如果租给别人，又是租给谁了？工部的答复没有见于记录。大约史官认为记载了这道上谕，已经可以表明皇帝当时微妙复杂的思绪，至于房屋或卖或租，对国家大事则无关紧要，就不必琐碎饤饾地加以记录了。