当金陵城内的俘.虏和安全区外的平民，大部分遭到扶桑军的屠.杀后，这些已经彻底泯灭了人性的豺狼们，终于将贪婪的目光，落在了庇护了数十万华国民众的安全区上。
首当其冲的，正是魏特琳（霍利亨特饰）所在的原金陵女子大学区域，由于这里所庇护的，绝大部分都是妇女儿童，于是便被那些已经任由兽欲驱使的侵略者，当成了嘴边的一块肥肉。
深夜的安全区，刚刚结束巡逻返回房间的魏特琳，坐在书桌前，打开台灯，然后从抽屉的角落中取出日记本，开始缓缓地书写起来。
“1937年12月16日(星期四)——我不知道今天有多少无辜、勤劳的农民和工人被杀害。我们让所有40岁以上的妇女回家，与她们的丈夫及儿子在一起，仅让她们的女儿和儿媳留下。今夜我们要照看四千多名妇女和儿童。不知道在这种压力下，我们还能坚持多久，这是一种无以名状的恐怖。”
“这几天，每天至少有10到20群扶桑兵到金陵女院抓人，**妇女、抢劫钱财。他们不仅从学校的大门、侧门强行入内，还有翻越围墙进校园，更有夜间从学校低矮的篱笆上爬过来，在无灯光的大楼里，楼上楼下乱摸一气，摸着哪一个就对她**。”
“1937年12月17日（星期五）——又有许多疲惫不堪、神情惊恐的妇女来了，说她们过了一个恐怖之夜。扶桑兵不断地光顾她们的家。从12岁的少女到60岁的老妇都被**。丈夫被迫离开卧室，怀孕的妻子被刺刀剖腹。”
“今晚一辆载有8—10名女子的车子，从我们这儿经过。当车子开过时，她们高喊‘救命，救命’。街上和山下不时传来的枪声，使我意识到，又有一些人遭受悲惨的枪杀命运，而且很可能他们不是士兵。”
等到白昼来临，大批妇女儿童，蜂拥来到金陵女院的收容所。有青年妇女装扮成老妇的，有女扮男装的，还有老妇、儿童和男人，一个个惊恐万分。
魏特琳守着大门劝说，为了多保护一些年轻女子和儿童，她们只能请男士和老妇回家，而人们哭着求着，只要能在草坪上有一个立足之地。
逼不得已，魏特琳只能组织所有安全区的妇女，开始统一剪掉长发，同时换上男人的衣裳，在泯灭人性的扶桑士兵面前，这个不是办法的办法，也成了保护所有华国妇女的最后一道防线。
在排队理发的队伍中，也包括了原本沦落风尘的香君（巩莉饰）和玉墨（邱淑珍饰），还有韩祥林的太太跟小姨子。
每天晚上，魏特琳不是在巡逻的路上，就是被紧急叫去阻止那些正在施暴的扶桑士兵，不少士兵因此恼怒，拿着血迹斑斑的刺刀威胁她；还有的野蛮地打她耳光。她都忍受了下来，自觉地承担了保护万余名华国妇女儿童的重任。
面对朋友在书信中的询问，她说，金陵女院就是我的家，我绝不离开。
在安全区的另外一边，约翰马吉牧师（安东尼霍普金斯饰），也在面临着同样的困难，甚至作为金陵国际红十字会主席的他，还见到了更为残忍的景象。
在写给妻子的信中，马吉牧师写道：“道胜堂为美利坚财产，扶桑军才不敢肆意胡为，因此也成为了华国妇女的避难所，这里住满了主动来寻求庇护，和我们从扶桑军魔爪下拯救出来的华国妇女。
不过遗憾的是，虽然我们救下了她们的肉体，但扶桑军惨无人道的暴行，显然已经对她们的精神，造成了不可磨灭的创伤。”
与此同时，马吉作为安全区内，唯一一台16毫米手持摄影机的拥有者，还在乔治费奇和史迈斯等人的掩护下，偷偷用镜头记录下了扶桑军的暴行。
在他拍摄的这些镜头中，扶桑军的坦克和大炮，正疯狂地炮击金陵城，机关枪正对着成群的市民进行扫.射，城内也到处是残垣断壁，以及那些遭到扶桑军j淫后杀害的华国妇女，被汽油烧焦的尸体惨不忍睹，街道上、水塘中，到处是被扶桑军血腥屠杀的平民。
这一天，马吉携带着摄影机，前往了由他负责的金陵鼓楼医院，在这里，有大批遭到扶桑军残害的平民，不过，医院中的伤员大部分都是老年人和女性，因为城区中的大部分青壮年男性，都失去了前往医院救治的机会。
在这些伤员中，有一位名叫李秀英的女士，成为了所有人钦佩的对象，身怀6个月身孕的她，因为反抗扶桑士兵的q暴，而被几个恼羞成怒的畜生捅了整整37刀，腹中胎儿也因此丧生，然而，李秀英本人却顽强地活了下来。
在马吉牧师的镜头下，虚弱至极的李秀英坚决地说道：“我要活下去，用我这副残躯，当一个会说话的证据，证明小鬼子们在金陵城里造的孽。”
身为国际安全区的主席，拉贝也感觉到身上的压力越来越大。
扶桑军刚刚入城的那几天，面对翻墙而入的的扶桑士兵，他还能仗着日耳曼nc党员的身份将其喝骂出去，但是最近，哪怕是他亲自出面，闯入安全区的扶桑士兵，也只是在发泄完欲望之后，留下痛不欲生的华国妇女，然后平静地离开而已。
即便如此，拉贝还是坚持着每天书写日记，记录下自己亲眼目睹的扶桑军恶行，除此之外，他每次离开安全区的时候，还会偷偷将相机带在身边，利用一切机会，将城内的惨状和扶桑军暴行记录下来，作为向世界揭露真相的证据。
当然，为了保护安全区内25万华国人的性命，拉贝所做的还不仅于此。
他除了不停向扶桑军方面，做出抗议和交涉之外，还向日耳曼政府寄出了许多信件，向自己的祖国，揭露了扶桑军在金陵城内犯下的滔天罪行，期望能够得到国家的支持，让他拥有能够阻止罪行，或者庇护更多华国百姓的能力。
可惜，在战争已经一触即发的这个时刻，日耳曼目前执政的nc政府，在考虑到，扶桑作为本国在世界上为数不多的几个盟国之一的身份，刻意隐瞒了拉贝所揭露的事实，对于拉贝的请求，也选择了视而不见。